Các tiêu chuẩn sau đây được sử dụng để xác định phương pháp khử trùng thích hợp nhất cho việc tái sử dụng hoặc thải nước thải:
+ Hiệu quả diệt sinh vật
+ Tính thực thi
+ Độ tin cậy
+ Hiệu quả tương quan với chi phí
+ Tác động môi trường
Hiệu quả diệt khuẩn và độ tin cậy
Xét về hiệu quả và độ tin cậy, vi lọc thường là phương pháp khử trùng được ưa thích ở những nơi có nguy cơ cao tiếp xúc với nước thải của con người. Đó là do khả năng làm giảm hiệu quả tất cả bốn nhóm tác nhân gây bệnh đến mức rất thấp so với các phương pháp khác. Tuy nhiên chi phí của phương pháp này cao nên làm giảm tính khả thi.
Nguy cơ sức khỏe và an toàn lao động
Sử dụng clo để khử trùng đặt ra những quy định bắt buộc về lưu trữ, vận chuyển và xử lý hóa chất.
Ozone đặt ra rủi ro vì những độc tính của khí được sử dụng và mối nguy hiểm liên quan với tiếp xúc với điện cao áp cần thiết để tạo ra ozone.
Tác động môi trường
Khi thực hiện việc đánh giá các chi phí thực của bất kỳ phương pháp khử trùng nước thải nào cần xem xét các tác động đến con người và môi trường có thể là hữu hình hoặc vô hình.
Clo và các sản phẩm của clo có tác động độc hại trên môi trường nước. Tổng clo dư cao trong nước thải có thể dẫn đến một phản ứng cấp tính của sinh vật dưới nước. Giới hạn dung sai ngưỡng của một số loài thủy sản đối với clo là 0,002 mg mỗi lít nước ngọt và 0,01 mg mỗi lít dung dịch nước muối. Các sản phẩm khử trùng cũng có khả năng tích lũy sinh học trong môi trường thủy sản. Khử clo giúp loại bỏ các độc tố của clo dư tự do hoặc kết hợp nhưng không có hiệu quả giảm các sản phẩm khử trùng khác.
Clo là phương pháp khử trùng được sử dụng cho xử lý nước thải đế tái sử dụng. Vì chi phí hợp lý đồng thời sử dụng clo để ngăn chặn vi khuẩn tái phát triển và tái ô nhiễm hệ thống phân phối và lưu trữ. Tuy nhiên khi nước thải tái sử dụng để sử dụng cho trồng trọt cần giới hạn ở mức 1 mg/l. Một số cây trồng nhạy cảm có thể bị hỏng ở mức giới hạn dưới 1mg/l nên người sử dụng cần xem xét mức độ nhạy cảm của bất kỳ loại cây trồng nào khi tưới bằng nước thải tái sử dụng.
Khí ozone có thể ảnh hưởng bất lợi đến thảm thực vật xung quanh do tính chất ăn mòn và độc hại của nó.
Vi lọc chỉ gây nguy hiểm cho môi trường nếu hóa chất làm sạch hoặc chất thải ô nhiễm được xử lý không chính xác.
Bất lợi với khử trùng trong bể chứa là sự phát triển quá mức không mong muốn của các loại tảo chẳng hạn như tảo xanh. Tảo xanh có thể gây rủi ro bằng việc sản xuất các chất độc
Hiệu quả chi phí
Về vốn và chi phí vận hành, lưu giữ tại bể là ít tốn kém nhất về mặt lâu dài để khử trùng nước thải cho các nhà máy có kích thước nhỏ và vừa sau đó là khử trùng bằng clo và tia cực tím.
Vi lọc và ozone là hình thức khử trùng đắt tiền dựa trên vốn và chi phí vận hành.
