Khử trùng được coi là công cụ để phòng bệnh cho nuôi trồng thủy sản. Nguyên tắc chung của việc khử trùng tại các cơ sở nuôi trồng thủy sản là sử dụng hóa chất và nồng độ hóa chất đủ và đủ thời gian để tiêu diệt tất cả các sinh vật gây bệnh mà không gây ảnh hưởng đến hệ thống nước xung quanh.

Việc lựa chọn thủ tục khử trùng phụ thuộc vào kích thước, loại và tính chất của vật liệu  và cơ sở vật chất được khử trùng. Bề mặt phải được khử trùng có thể bao gồm vải hoặc vật liệu dệt, các bề mặt cứng ( nhựa, bê tông) hoặc vật liệu thấm ( đất, sỏi). Khử trùng là khó khăn hơn trên các bề mặt thấm nước và đòi hỏi nhiều thời gian hơn.

Sự hiện diện của các chất hữu cơ sẽ làm giảm khả năng khử trùng của hầu hết các hóa chất khử trùng vì vậy cần phải tiền xử lý nước trước khi tiến hành khử trùng. Ngoài ra tất cả bề mặt phải được rửa sạch trước khi khử trùng. Chất tẩy rửa sử dụng phải tương thích với các chất khử trùng và cả hai phải phù hợp với bề mặt đang được xử lý.

Quy trình khử trùng được thiết lập và sử dụng theo mục tiêu khử trùng và xác định rủi ro có thể xảy ra.

Một quy trình khử trùng cơ bản bao gồm việc đưa tất cả các động vật thủy sản ( đã chết và còn sống) ra nơi khác, làm sạch loại bỏ tất cả các chất hữu cơ còn lại trên bề mặt, sử dụng hóa chất khử trùng và công đoạn cuối là trung hòa, khử các chất khử trùng còn sót lại có thể gây độc đối với cá thể nuôi.

Khử trùng trong nuôi trồng, chế biến thủy sản gồm các loại sau:

+ Khách đến thăm cơ sở nuôi trồng thủy sản: Khách khi đi thăm cơ sở cần được khử trùng giày của họ bằng chất khử trùng thích hợp

+ Thiết bị vào ra trong trang trại hoặc sử dụng trong trang trại

+ Cơ sở hạ tầng ở nông trại

+ Sản phẩm thủy sản vào và ra trong trang trại

+ Khử trùng ao đất

+ Khử trùng đường ống, khu vực ngoài trời và các tòa nhà

+ Khử trùng phương tiện vận chuyển

+ Khử trùng liên quan đến việc giết, mổ thủy sản

Hóa chất sử dụng để khử trùng là clorin ( canxi hypoclorite)

Xem thêm: Sử dụng clo cho nuôi trồng thủy sản

clorin Nhật